《特种部队：眼镜蛇的崛起》改编自同名经典动画，讲述近未来武器研发集团MARS的创始人詹姆斯·麦库伦发明了名为“纳罗脉”的微型机器人。这种机器人能在极短时间内吞噬掉挡路的敌人，威力巨大。北约的武器系统落入麦库伦手中，他企图利用纳罗脉称霸世界。由霍克将军指挥的特种部队“G.I.Joe”奉命夺回被劫武器。队员包括杜克、里柯德、红发女郎、蛇眼等精英。他们发现麦库伦与神秘组织“眼镜蛇”勾结，后者拥有强大科技与伪装能力。双方从巴黎到北极，展开连场激战。杜克与旧识安娜（男爵夫人）分属敌对阵营，情感与使命冲突。最终，特种部队摧毁纳罗脉导弹，击退眼镜蛇，但麦库伦与眼镜蛇指挥官逃脱，为续集埋下伏笔。影片以高速动作、科幻武器和团队作战为特色，展现正邪对决的宏大场面。