《X战警2》承接第一集，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行交涉。与此同时，万磁王成功越狱，他计划利用脑波强化机消灭所有人类。X战警与昔日敌人万磁王临时联手，阻止这场浩劫。金刚狼的身世之谜进一步揭开，琴·葛蕾为保护同伴牺牲自己，却在水下重生为黑凤凰。影片在动作场面和角色深度上全面升级，探讨了偏见、牺牲与团结的主题。