《哈利·波特与阿兹卡班的囚徒》是系列第三部，由阿方索·卡隆执导。哈利在霍格沃茨的第三个学年充满阴霾：阿兹卡班重犯小天狼星·布莱克越狱，传说他是伏地魔的追随者，背叛了哈利的父母。魔法部派出摄魂怪守卫学校，哈利每次遇到它们都会昏厥并听到母亲的尖叫。新黑魔法防御术教授卢平教会哈利守护神咒，而哈利也发现小天狼星其实是他的教父，且被冤枉为叛徒。真正的叛徒是小矮星彼得，他伪装成罗恩的老鼠斑斑。真相揭露后，哈利与赫敏利用时间转换器救下小天狼星和鹰头马身有翼兽巴克比克。影片探讨了恐惧、友谊与救赎，是系列中风格最独特的一部。