《魔法禁书目录 剧场版 恩底弥翁的奇迹》是改编自镰池和马同名轻小说的动画电影，由锦织博执导，于2013年上映。故事围绕学园都市正在建设的宇宙电梯“恩底弥翁”展开。三年前太空飞船猎户号坠毁事件，成为这座巨大建筑诞生的契机。在恩底弥翁接近完工之际，上条当麻与茵蒂克丝遇到了一位名叫鸣护艾丽莎的少女。她自称是无能力者，却拥有一种不可思议的歌声力量，能够引发奇迹般的现象。这一能力很快引起了学园都市和外部魔术势力的注意，各方势力开始围绕她展开争夺。随着剧情推进，艾丽莎的身世与猎户号事件之间的关联逐渐浮出水面，恩底弥翁背后隐藏的秘密也被揭开。上条当麻为守护艾丽莎和她的歌声，不得不再次面对科学与魔术交织的复杂局面，并挥出他那能消除一切异能的右手。影片延续了系列一贯的世界观，融合学园都市、魔术结社、超能力者等元素，呈现出一场关于奇迹与选择的冒险。