《漫画里的秘密》讲述天才少女漫画家林小满的奇幻冒险。她连载的人气漫画《暗夜骑士》突然出现诡异现象：反派角色“黑执事”竟能突破次元壁，在现实世界与她对话，并扬言要改写漫画结局，让男主角在下一话中彻底消失。林小满起初以为只是创作压力导致的幻觉，直到漫画原稿上出现不属于她笔迹的血色警告。为拯救自己倾注心血的男主，她被迫与黑执事展开一场跨次元的博弈。每次修改剧情，现实世界就会发生对应异变。在追查真相的过程中，林小满发现母亲十年前失踪前留下的最后一幅画，竟与黑执事的形象完全一致。原来母亲也曾是漫画家，而黑执事是她未完成的遗作中诞生的意识体，承载着母亲未能说出口的秘密。林小满必须在漫画完结前解开母亲留下的谜题，否则不仅男主会消失，整个现实与漫画的界限都将彻底崩塌。