《萌学园五：异界对决》延续萌骑士团与阇黑大战后的故事。半年后，一颗神秘陨石突然飞向萌学园，彗星小组惊讶地发现萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到校园。大甜甜教员立刻展开治疗，发现艾瑞克的驶卷使极为微弱，于是紧急联络夸特诺基地的陶格长老前来帮忙。与此同时，谜亚星也出现异常状况，似乎与陨石和异界力量有关。萌学园面临新的威胁，异界对决一触即发。艾瑞克能否恢复力量，萌骑士团又能否再次团结对抗未知敌人？本季剧情围绕异界危机展开，充满悬念与魔法战斗。