《反叛的鲁路修第二季》承接第一季“东京决战”一年后的剧情。布里塔尼亚少年鲁路修原本在11区过着平静的学生生活，与弟弟罗洛相依为命。然而一次出行中，他意外遭遇黑色骑士团余党，并与少女C.C再度结下契约，被封印的记忆随之苏醒。恢复记忆的鲁路修重新戴上假面，以Zero的身份集结旧部，继续对抗布里塔尼亚帝国的暴政。他一方面要面对昔日挚友朱雀的阻挠，另一方面还要应对圆桌骑士与帝国皇室的层层围剿。在亲情、友情与理想的激烈碰撞中，鲁路修步步为营，以惊人的智谋推动“零之镇魂曲”计划，试图用自己的方式终结仇恨的连锁，创造一个娜娜莉能够幸福生活的温柔世界。