《大和零号》将故事背景设定在3199年的遥远未来。彼时，来自邻近星系的强大敌人对银河系发动猛烈进攻，银河系众多恒星国家组成的联盟联合部队奋起抵抗，却接连被敌军击败。战况急转直下，联盟剩余兵力锐减至仅存六支舰队，联盟总部也在战火中被摧毁，中央银河联盟的统治体系濒临崩溃。在银河命运悬于一线的绝望时刻，大和零号意外登场，肩负起协助银河联盟进行最后一场大战的使命。作为最后的希望，它将承载整个银河的存亡，在敌我力量悬殊的绝境中展开壮烈决战。影片以宏大的宇宙战争为舞台，描绘了绝境中的勇气、牺牲与逆转，展现银河联盟为守护家园而战的最终篇章。